Wydarzenia II wojny światowej bezpowrotnie zniszczyły większą część kolekcji, którą Oktawia Głowacka, małżonka Bolesława Prusa, przekazała instytucjom publicznym po śmierci pisarza. Muzeum jego imienia już od sześćdziesięciu lat gromadzi pamiątki związane z życiem i twórczością autora Lalki. W zbiorach placówki znajdują się unikalne zdjęcia z albumu państwa Głowackich, oryginały listów pisarza i jego żony, karty pocztowe, rękopisy i maszynopisy prac. Na szczególną uwagę zasługuje bogata kolekcja ilustracji do dzieł Prusa, zwłaszcza cykl grafik autorstwa Edwarda Okunia do Faraona. Powstały one w 1914 roku, wcześniej artysta wyruszył w podróż do Egiptu, aby jak najwierniej oddać w nich atmosferę starożytnego świata. Wybuch I wojny światowej pokrzyżował plany wydawnicze Gebethnera i Wolffa, w rezultacie pierwsze (i jedyne) wydanie Faraona z ilustracjami Okunia ukazało się sto lat później.

W księgozbiorze Muzeum, liczącym ponad dwa tysiące woluminów, znajdują się książki należące kiedyś do Prusa, wersje korektowe i pierwodruki jego dzieł, tłumaczenia utworów, również na nieco egzotyczne języki, na przykład: chiński, koreański, japoński, ormiański, fiński czy esperanto. Najciekawsze egzemplarze z księgozbioru Muzeum zostały wyeksponowane w biblioteczce znajdującej się w gabinecie pisarza.

Okulary Bolesława Prusa, jego nożyk do listów z kości słoniowej, tabliczka z drzwi warszawskiego mieszkania, dwie XIX-wieczne maszyny do pisania – to tylko część zbiorów, które można zobaczyć na ekspozycji stałej. Natomiast archiwum placówki skrywa bogaty zbiór ekslibrysów, a także dokumenty i zdjęcia, dzięki którym poznajemy nie tylko życie i twórczość naszego Patrona, ale i historię Nałęczowa.